単純に下記のようにしただけではなんかおかしな事になる。作成したスクリプトを強制終了するしかなくなってしまった。
do shell script "/opt/local/bin/gem server"
/bin/shだからじゃないよなあと思って念のため、明示的に/bin/bashを与えてみたけど駄目。
ならroot権限で動かしたらどうだいなと思って、password "mypassword" with administrator privilegesなんて追加してみたけど勘違いもいいとこだったみたい。